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“中国药业的出路在于企业化，而不再是计划经济体制下的大院大所模式”，中国医科院药物所正是基于这样的指导思想，大胆探索，在国内率先走出了一条研、发、产一体的企业化新药创制之路。目前，该所的科研―开发―产业格局已经形成，初步实现了良性循环。2000年承担国家科研任务和新药开发均创历史新高，所属药厂年产销量从3年前的2000万元猛增至去年的9000万元。实施“分段式企业化管理”，是该所目前在转轨中的主要做法。首先，他们努力打破各自为政的“小作坊”式研发格局。一方面，按照国家和卫生部关于科技体制改革的精神，结合医科院改革一盘棋，通过招聘、竞争上岗、调整机制等，对人员、科室等进行优化重组、重构，建设以基础研究（先导物的发现和确认等）为主的“新药研究中心”，以工艺改革、中试研究等为主的“新药开发中心”。另一方面，依靠自己的力量，设立新药研究基金（每年投入数百万元，这笔钱比国家每年投给该所的事业费还多），通过借鉴国外制药企业的做法，在新药开发中集中统一领导，落实岗位责任，拉开岗位津贴档次（1000～5000元）、项目总负责人的年薪已达8万元以上，同时建立项目监理制度等，将新药的出药周期大幅压缩。并且准备通过股份制改造，逐步将协和药厂从该所的生产基地建设为转轨后的高新技术企业的龙头。据了解，医科院药物所设立新药基金至今仅一年，但企业化管理的优势已让全所职工刮目相看：如某抗肿瘤药物因前景逐步走暗而被及时“拿下”，避免了过去体制下“一条道走到黑”的极大浪费；几位表现欠佳的分课题负责人先后被扣掉当月岗位津贴（1000～3000元不等）。据悉，受到新药基金支持的4个药物研究目前进展顺利，其中的抗焦虑新药已拿到国家专利，并申报了国际专利。
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